E-shell 使用

一、 E-shell 概述

E-shell是一个web版的Linux终端,界面打开eshell后登录到一个slurm集群环境,可以通过命令行方式进行作业提交。

二、 提交作业

  1. 通过eshell登录slurm login节点,执行module avail 查看平台所支持的软件
  2. module loadXXXX加载需要的软件(以gromacs为例)
  3. 在文件管理器中上传软件的依赖文件
  4. 在资源管理界面中查看可用队列,或在eshell上执行sinfo查看队列信息
  5. Srun/sbatch命令提交作业。Sbatch命令方式需要根据作业要求编写好对应的shell脚本。

    Sbatch命令启动作业:

    Srun命令启动作业

    参数说明:

    -N: 节点的数量
    -n: 任务进程数量
    -p: PARTITION的配置
    
  6. 作业启动后可以通过scontrol show job 查看作业详情。

三、 可执行的命令

作业提交和控制 sbatch ## 提交脚本排队执行,批处理模式 salloc ## 创建资源申请并启动shell用于运行作业,交互模式 srun ## 创建资源申请并启动作业步(通常是MPI作业) scancel ## 取消作业或作业步

系统状态 sinfo ## 查看节点和分区的状态 squeue ## 查看作业和作业步的状态 scontrol ## 查看或更新各种对象(如集群、分区、作业、作业步、预约等)的状态

记账统计 sacct ## 报告作业/作业步的记账信息 sstat ## 报告正在运行的作业/作业步的信息,包含状态采集

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