e-shell-使用
E-shell 使用
1. E-shell 概述
E-shell是一个web版的Linux终端,界面打开eshell后登录到一个slurm集群环境,可以通过命令行方式进行作业提交。
2. 提交作业
- 通过eshell登录slurm login节点,执行module avail 查看平台所支持的软件
- module loadXXXX加载需要的软件(以gromacs为例)
- 在文件管理器中上传软件的依赖文件
- 在资源管理界面中查看可用队列,或在eshell上执行sinfo查看队列信息
Srun/sbatch命令提交作业。Sbatch命令方式需要根据作业要求编写好对应的shell脚本。 Sbatch命令启动作业:
参数说明:
-N: 节点的数量 -n: 任务进程数量 -p: PARTITION的配置
- 作业启动后可以通过
scontrol show job
查看作业详情。
3. 可执行的命令
作业提交和控制
- sbatch ## 提交脚本排队执行,批处理模式
- salloc ## 创建资源申请并启动shell用于运行作业,交互模式
- srun ## 创建资源申请并启动作业步(通常是MPI作业)
- scancel ## 取消作业或作业步
系统状态
- sinfo ## 查看节点和分区的状态
- squeue ## 查看作业和作业步的状态
- scontrol ## 查看或更新各种对象(如集群、分区、作业、作业步、预约等)的状态
记账统计
- sacct ## 报告作业/作业步的记账信息
- sstat ## 报告正在运行的作业/作业步的信息,包含状态采集